تشرف هيئتان تقريريتان على عمل الوكالة هُما: لجنة الوصاية، ترأسها المملكة المغربية في شخص وزير الشؤون الخارجية، وبعضوية 4 وزراء آخرين من بينهم وزير الخارجية الفلسطيني، والمجلس الإداري الذي يتألف من 16 وزير مالية للدول الأعضاء في لجنة القدس، برئاسة المغرب.