Deux organes de supervision dirigent les activités de l’Agence : le Comité tutelle, présidé par le Royaume du Maroc à travers le ministre des Affaires étrangères, et composé de 4 autres ministres, dont le ministre des Affaires étrangères palestinien, et le Conseil d’Administration, composé de 16 ministres des Finances des pays membres du Comité d’Alqods, présidé par le ministre des finances du Royaume du Maroc..