تحرص الوكالة على تعبئة كل الموارد والإمكانات المادية المُتاحة لتمويل برامجها واستثمارها في النهوض بتنمية الانسان والمجال في القدس، من خلال مشاريع التنمية البشرية والعناية بالفئات المستضعفة، ومساعدة السكان على المحافظة على أراضيهم وممتلكاتهم، في ظل المحاولات الحثيثة لتغيير الهوُية الحضارية للمدينة المقدسة ومحاولة عزلها عن محيطها الفلسطيني.

وتوجّه الوكالة أموال التبرعات كاملة من دون أية اقتطاعات لتمويل المشاريع، وتحرص على وصولها إلى مستحقيها، وتعتمد آليات للمتابعة وتقويم الأثر.. بينما ميزانية التسيير فهي مؤمنة بمنحة سنوية من المملكة المغربية.